Dòng chảy của sông São Francisco qua năm bang và có thể được chia thành 4 phần như sau:

1. Phần thượng, từ đầu nguồn tới Pirapora tại Minas Gerais
2. Phần trung-thượng, từ Pirapora, đoạn bắt đầu có khả năng thông hành, tới Remanso (Bahia) và đập Sobradinho
3. Phần trung-hạ, từ đập Sobradinho tới Paulo Afonso, cũng thuộc Bahia (trên ranh giới với Alagoas), và chấm dứt tại đập Itaparica
4. Phần hạ, từ Paulo Afonso đến cửa sông tại Đại Tây Dương